MN04: Różnice pomiędzy wersjami

Z Studia Informatyczne
Przejdź do nawigacjiPrzejdź do wyszukiwania
Przykry (dyskusja | edycje)
mNie podano opisu zmian
Przykry (dyskusja | edycje)
mNie podano opisu zmian
Linia 1: Linia 1:


==Rozwiązywanie układów równań liniowych==
=Układy równań liniowych=


Czasem zadania obliczeniowe wymagają wykonania naprawdę wielkiej liczby obliczeń
Czasem zadania obliczeniowe wymagają wykonania naprawdę wielkiej liczby obliczeń
zmiennoprzecinkowych, przy czym wiele znanych, ''matematycznie równoważnych'' metod
zmiennoprzecinkowych, przy czym wiele znanych, <strong>matematycznie równoważnych</strong> metod
rozwiązywania takich zadań, ma ''diametralnie różne'' własności numeryczne.
rozwiązywania takich zadań, ma <strong>diametralnie różne własności numeryczne</strong>.
Bardzo ważną klasą takich zadań jest rozwiązywanie układów równań liniowych
Bardzo ważną klasą takich zadań jest rozwiązywanie układów równań liniowych


Linia 27: Linia 27:
* obliczenie macierzy <math>\displaystyle A^{-1}</math> i następnie <math>\displaystyle x = A^{-1}b</math>
* obliczenie macierzy <math>\displaystyle A^{-1}</math> i następnie <math>\displaystyle x = A^{-1}b</math>
   
   
'''nie nadają się''' do numerycznego rozwiązywania takich zadań.
<strong>nie nadają się</strong> do numerycznego rozwiązywania takich zadań.


O tym, jak ''skutecznie'' rozwiązywać takie zadania, jakie jest ich
O tym, jak <strong>skutecznie</strong> rozwiązywać takie zadania, jakie jest ich
uwarunkowanie --- o tym traktują następne dwa wykłady. Okaże się, że jedną z
uwarunkowanie --- o tym traktują następne dwa wykłady. Okaże się, że jedną z
dobrych metod jest metoda eliminacji Gaussa.
dobrych metod jest metoda eliminacji Gaussa.


===Proste układy równań===
==Proste układy równań==


Niektóre układy równań można bardzo łatwo rozwiązać. Zgodnie z zasadą
Niektóre układy równań można bardzo łatwo rozwiązać. Zgodnie z zasadą
Linia 49: Linia 49:
Rozważmy układ z macierzą  
Rozważmy układ z macierzą  
trójkątną <math>\displaystyle A</math>. Będą nas szczególnie interesować macierze  
trójkątną <math>\displaystyle A</math>. Będą nas szczególnie interesować macierze  
''trójkątne górne'', dla których <math>\displaystyle a_{i,j}=0</math> gdy <math>\displaystyle i>j</math>, oraz  
<strong>trójkątne górne</strong>, dla których <math>\displaystyle a_{i,j}=0</math> gdy <math>\displaystyle i>j</math>, oraz  
macierze ''trójkątne dolne'' z jedynkami na przekątnej, tzn.  
macierze <strong>trójkątne dolne</strong> z jedynkami na przekątnej, tzn.  
<math>\displaystyle a_{i,j}=0</math>, <math>\displaystyle i<j</math>, oraz <math>\displaystyle a_{i,i}=1</math>. Macierze pierwszego rodzaju  
<math>\displaystyle a_{i,j}=0</math>, <math>\displaystyle i<j</math>, oraz <math>\displaystyle a_{i,i}=1</math>. Macierze pierwszego rodzaju  
będziemy oznaczać przez <math>\displaystyle U</math>, a drugiego rodzaju przez <math>\displaystyle L</math>.  
będziemy oznaczać przez <math>\displaystyle U</math>, a drugiego rodzaju przez <math>\displaystyle L</math>.  
Linia 84: Linia 84:


<math>\displaystyle x_N^*\, =\, c_N / u_{N,N}</math>;
<math>\displaystyle x_N^*\, =\, c_N / u_{N,N}</math>;
for (i <nowiki>=</nowiki> N-1; i ><nowiki>=</nowiki> 1; i--)
for (i = N-1; i >= 1; i--)
<math>\displaystyle x_i^*\,:=\,\left( c_i\,-\, \sum_{j=i+1}^N
<math>\displaystyle x_i^*\,:=\,\left( c_i\,-\, \sum_{j=i+1}^N
u_{i,j}x_j^*\right)/u_{i,i}</math>;
u_{i,j}x_j^*\right)/u_{i,i}</math>;
Linia 97: Linia 97:


<math>\displaystyle x_1 = c_1</math>;
<math>\displaystyle x_1 = c_1</math>;
for (i<nowiki>=</nowiki>2; i <<nowiki>=</nowiki> N; i++)
for (i=2; i <= N; i++)
<math>\displaystyle x_i = c_i\,-\,\sum_{j=1}^{i-1} l_{i,j} x_j^*</math>;
<math>\displaystyle x_i = c_i\,-\,\sum_{j=1}^{i-1} l_{i,j} x_j^*</math>;
</pre>}}
</pre>}}
Linia 130: Linia 130:
</math></center>
</math></center>


===Metoda eliminacji Gaussa===
==Metoda eliminacji Gaussa==
 
[[grafika:Gauss.jpg|thumb|right||Carl Friedrich Gauss<br>  [[Biografia Gauss|Zobacz biografię]]]]


W przypadku dowolnych macierzy, bardzo dobrym algorytmem numerycznym
W przypadku dowolnych macierzy, bardzo dobrym algorytmem numerycznym
Linia 139: Linia 141:
okazuje się popularna
okazuje się popularna
eliminacja Gaussa. Jednak z powodów, które będą dla nas później jasne, algorytm
eliminacja Gaussa. Jednak z powodów, które będą dla nas później jasne, algorytm
ten wyrazimy w języku tzw. ''rozkładu LU'' macierzy, to znaczy,
ten wyrazimy w języku tzw. <strong>rozkładu LU</strong> macierzy, to znaczy,
sprowadzającego zadanie do znalezienia
sprowadzającego zadanie do znalezienia
macierzy trójkątnej dolnej <math>\displaystyle L</math> (z jedynkami na diagonali) oraz trójkątnej górnej
macierzy trójkątnej dolnej <math>\displaystyle L</math> (z jedynkami na diagonali) oraz trójkątnej górnej
Linia 158: Linia 160:


Przypuśćmy, że taki rozkład <math>\displaystyle A=LU</math> istnieje. Wówczas, zapisując macierze w postaci
Przypuśćmy, że taki rozkład <math>\displaystyle A=LU</math> istnieje. Wówczas, zapisując macierze w postaci
blokowej, eskponując pierwszy wiersz i pierwszą kolumnę zaangażowanych macierzy,
blokowej, eksponując pierwszy wiersz i pierwszą kolumnę zaangażowanych macierzy,
mamy
mamy


Linia 181: Linia 183:
kopią pierwszego wiersza <math>\displaystyle A</math>,
kopią pierwszego wiersza <math>\displaystyle A</math>,
* <math>\displaystyle l_{21} = a_{21}/u_{11}</math>, więc pierwsza kolumna <math>\displaystyle L</math> powstaje przez
* <math>\displaystyle l_{21} = a_{21}/u_{11}</math>, więc pierwsza kolumna <math>\displaystyle L</math> powstaje przez
podzielenie wszytkich elementów wektora <math>\displaystyle a_{21}</math> przez element na diagonali
podzielenie wszystkich elementów wektora <math>\displaystyle a_{21}</math> przez element na diagonali
<math>\displaystyle a_{11}</math>,
<math>\displaystyle a_{11}</math>,
* <math>\displaystyle A_{22} - l_{21}u_{12}^T = L_{22}U_{22}</math>, a więc znalezienie podmacierzy
* <math>\displaystyle A_{22} - l_{21}u_{12}^T = L_{22}U_{22}</math>, a więc znalezienie podmacierzy
Linia 195: Linia 197:
Ponadto zauważmy, że opisany algorytm możemy wykonać w miejscu, nadpisując
Ponadto zauważmy, że opisany algorytm możemy wykonać w miejscu, nadpisując
elementy <math>\displaystyle A</math> elementami macierzy <math>\displaystyle U</math> i <math>\displaystyle L</math> (jedynek z diagonali <math>\displaystyle L</math> nie musimy
elementy <math>\displaystyle A</math> elementami macierzy <math>\displaystyle U</math> i <math>\displaystyle L</math> (jedynek z diagonali <math>\displaystyle L</math> nie musimy
pamiętać, bo wiemy a priori, że tam są).
pamiętać, bo wiemy ''a priori'', że tam są).


{{algorytm|Rozkład LU metodą eliminacji Gaussa||
{{algorytm|Rozkład LU metodą eliminacji Gaussa||
<pre>
<pre>


for k<nowiki>=</nowiki>1:N-1
for k=1:N-1
if <math>\displaystyle a_{kk}</math> <nowiki>=</nowiki><nowiki>=</nowiki> 0  
if <math>\displaystyle a_{kk}</math> == 0  
STOP;
STOP;
end
end
for i<nowiki>=</nowiki>k+1:N /* wyznaczenie <math>\displaystyle k</math>-tej kolumny <math>\displaystyle L</math> */
for i=k+1:N /* wyznaczenie <math>\displaystyle k</math>-tej kolumny <math>\displaystyle L</math> */
<math>\displaystyle a_{ik}</math> <nowiki>=</nowiki> <math>\displaystyle a_{ik}/a_{ii}</math>;
<math>\displaystyle a_{ik}</math> = <math>\displaystyle a_{ik}/a_{ii}</math>;
end
end
for j<nowiki>=</nowiki>k+1:N /* modyfikacja podmacierzy <math>\displaystyle A_{22} = A_{22} - l_{21}u_{12}^T</math> */
for j=k+1:N /* modyfikacja podmacierzy <math>\displaystyle A_{22} = A_{22} - l_{21}u_{12}^T</math> */
for i<nowiki>=</nowiki>k+1:N  
for i=k+1:N  
<math>\displaystyle a_{ij}</math> -<nowiki>=</nowiki> <math>\displaystyle a_{ik}a_{kj}</math>;
<math>\displaystyle a_{ij}</math> -= <math>\displaystyle a_{ik}a_{kj}</math>;
end
end
end
end
Linia 231: Linia 233:


Z powyższego wynika, że łączny koszt rozwiązania równania liniowego wynosi
Z powyższego wynika, że łączny koszt rozwiązania równania liniowego wynosi
<math>\displaystyle O(N^3)</math>. Można zastanawiać się, jaka jest ''najmniejsza możliwa'' liczba
<math>\displaystyle O(N^3)</math>. Można zastanawiać się, jaka jest <strong>najmniejsza możliwa</strong> liczba
operacji zmiennoprzecinkowych potrzebnych do rozwiązania układu równań
operacji zmiennoprzecinkowych potrzebnych do rozwiązania układu równań
liniowych.
liniowych.
Linia 237: Linia 239:
Można pokazać,  że minimalny koszt rozwiązania układu <math>\displaystyle N</math> równań
Można pokazać,  że minimalny koszt rozwiązania układu <math>\displaystyle N</math> równań
liniowych nie może być wyższego rzędu niż minimalny koszt mnożenia dwóch
liniowych nie może być wyższego rzędu niż minimalny koszt mnożenia dwóch
macierzy <math>\displaystyle N\times N</math>. Znany jest całkiem prosty algorytm rekurencyjny,
macierzy <math>\displaystyle N\times N</math>. Tymczasem znany jest całkiem prosty algorytm rekurencyjny,
wyznaczający iloczyn dwóch macierzy kosztem <math>\displaystyle 4.7\cdot N^{log_27} \approx 4.7
wyznaczający iloczyn dwóch macierzy kosztem <math>\displaystyle 4.7\cdot N^{log_27} \approx 4.7
\cdot N^{2.807}</math> (algorytm Strassena). Bardziej skomplikowany (i praktycznie
\cdot N^{2.807}</math> (algorytm Strassena). Bardziej skomplikowany (i praktycznie
Linia 245: Linia 247:


Jednak w praktyce nawet prosty algorytm Strassena zazwyczaj nie jest stosowany.
Jednak w praktyce nawet prosty algorytm Strassena zazwyczaj nie jest stosowany.
Wynika to stąd, że ma trochę gorsze własności numeryczne oraz wymaga dużo
Wynika to stąd, że ma trochę gorsze własności numeryczne oraz, co istotniejsze, wymaga dużo
dodatkowej pamięci na przechowywanie pośrednich wyników.
dodatkowej pamięci na przechowywanie pośrednich wyników.
}}
}}


===Wybór elementu głównego===
==Wybór elementu głównego==


Opisany powyżej algorytm rozkładu LU niestety czasem może się załamać: gdy
Opisany powyżej algorytm rozkładu LU niestety czasem może się załamać: gdy
Linia 266: Linia 268:
problemu.
problemu.


W praktyce obliczeniowej, aby uzyskać algorytm o [[|Uzupe�nij: możliwie dobrych własnościach
W praktyce obliczeniowej, aby uzyskać algorytm o [[|Dodaj link: możliwie dobrych własnościach
numerycznych]], wykorzystujemy tzw. strategię ''wyboru elementu głównego w
numerycznych]], wykorzystujemy tzw. strategię <strong>wyboru elementu głównego w
kolumnie''.
kolumnie</strong>.
Polega to na tym, że zanim wykonamy <math>\displaystyle k</math>-ty krok algorytmu rozkładu LU,
Polega to na tym, że zanim wykonamy <math>\displaystyle k</math>-ty krok algorytmu rozkładu LU,
* szukamy w pierwszej kolumnie podmacierzy <math>\displaystyle A(k:N,k:N)</math> szukamy elementu o
* szukamy w pierwszej kolumnie podmacierzy <math>\displaystyle A(k:N,k:N)</math> szukamy elementu o
największym module (taki element, na mocy założenia nieosobliwości macierzy,
największym module (taki element, na mocy założenia nieosobliwości macierzy,
jest niezerowy) --- to jest właśnie element główny
jest niezerowy) --- to jest właśnie element główny
* zamieniamy ze sobą wiersz pierwszy  <math>\displaystyle A(k:N,k:N)</math> z wierszem, w którym  
* zamieniamy ze sobą wiersz <math>\displaystyle A(k,1:N)</math> z wierszem, w którym  
znajduje się element główny
znajduje się element główny
* zapamiętujemy dokonaną permutację, bo potem --- gdy już przyjdzie do
* zapamiętujemy dokonaną permutację, bo potem --- gdy już przyjdzie do
Linia 288: Linia 290:


Oprócz wyboru elementu głównego w kolumnie, stosuje się czasem inne strategie,
Oprócz wyboru elementu głównego w kolumnie, stosuje się czasem inne strategie,
m.in. wybór w kolumnie oraz tzw. ''wybór pełny'', gdy elementu głównego szukamy w
m.in. wybór w kolumnie oraz tzw. <strong>wybór pełny</strong>, gdy elementu głównego szukamy w
''całej'' podmacierzy <math>\displaystyle A(k:N,k:N)</math>, co znacznie zwiększa liczbę porównań
<strong>całej</strong> podmacierzy <math>\displaystyle A(k:N,k:N)</math>, co znacznie zwiększa liczbę porównań
niezbędnych do wskazania elementu głównego, ale też trochę poprawia własności
niezbędnych do wskazania elementu głównego, ale też trochę poprawia własności
numeryczne takiego algorytmu.
numeryczne takiego algorytmu.
Linia 299: Linia 301:
<pre>
<pre>


P <nowiki>=</nowiki> 1:N; /* tu zapamiętujemy wykonane permutacje */
P = 1:N; /* tu zapamiętujemy wykonane permutacje */
for k<nowiki>=</nowiki>1:N-1
for k=1:N-1
w wektorze A(k:N,k) znajdź element główny <math>\displaystyle a_{pk}</math>;
w wektorze A(k:N,k) znajdź element główny <math>\displaystyle a_{pk}</math>;
zamień ze sobą wiersze A(k,1:N) i A(p,1:N);
zamień ze sobą wiersze A(k,1:N) i A(p,1:N);
P(k) <nowiki>=</nowiki> p; P(p) <nowiki>=</nowiki> k;
P(k) = p; P(p) = k;
if <math>\displaystyle a_{kk}</math>
if <math>\displaystyle a_{kk}</math>
STOP: macierz osobliwa!
STOP: macierz osobliwa!
Linia 311: Linia 313:
/* kontunuuj tak jak w algorytmie bez wyboru */
/* kontunuuj tak jak w algorytmie bez wyboru */
for i<nowiki>=</nowiki>k+1:N /* wyznaczenie <math>\displaystyle k</math>-tej kolumny <math>\displaystyle L</math> */
for i=k+1:N /* wyznaczenie <math>\displaystyle k</math>-tej kolumny <math>\displaystyle L</math> */
<math>\displaystyle a_{ik}</math> <nowiki>=</nowiki> <math>\displaystyle a_{ik}/a_{ii}</math>;
<math>\displaystyle a_{ik}</math> = <math>\displaystyle a_{ik}/a_{ii}</math>;
end
end
for j<nowiki>=</nowiki>k+1:N /* modyfikacja podmacierzy <math>\displaystyle A_{22} = A_{22} - l_{21}u_{12}^T</math> */
for j=k+1:N /* modyfikacja podmacierzy <math>\displaystyle A_{22} = A_{22} - l_{21}u_{12}^T</math> */
for i<nowiki>=</nowiki>k+1:N  
for i=k+1:N  
<math>\displaystyle a_{ij}</math> -<nowiki>=</nowiki> <math>\displaystyle a_{ik}a_{kj}</math>;
<math>\displaystyle a_{ij}</math> -= <math>\displaystyle a_{ik}a_{kj}</math>;
end
end
end
end
end
end
</pre>}}
</pre>}}
<div class="thumb tright"><div><flash>file=Macierz.swf</flash><div.thumbcaption>Eliminacja Gaussa z wyborem elementu głównego</div></div></div>


Poniżej zapisujemy algorytm rozwiązania układu równań, gdy znany jest
Poniżej zapisujemy algorytm rozwiązania układu równań, gdy znany jest
Linia 333: Linia 337:
</pre>}}
</pre>}}


<div class="thumb tright"><div><flash>file=eliminacjagaussa.swf</flash><div.thumbcaption>Eliminacja Gaussa z wyborem elementu głównego</div></div></div>
Dla niektórych ważnych klas macierzy wiadomo, że rozkład LU jest wykonalny <strong>bez wyznaczania elementu głównego</strong>, co istotnie może zmniejszyć całkowity czas
 
Dla niektórych ważnych klas macierzy wiadomo, że rozkład LU jest wykonalny ''bez wyznaczania elementu głównego'', co istotnie może zmniejszyć całkowity czas
działania algorytmu. Jest tak m.in. dla macierzy
działania algorytmu. Jest tak m.in. dla macierzy
* symetrycznych, dodatnio określonych: <math>\displaystyle A=A^T</math> oraz <math>\displaystyle x^TAx > 0</math>, <math>\displaystyle \forall x
* symetrycznych, dodatnio określonych: <math>\displaystyle A=A^T</math> oraz <math>\displaystyle x^TAx > 0</math>, <math>\displaystyle \forall x
Linia 343: Linia 345:
<center><math>\displaystyle |a_{ii}| > \sum_{j\neq i} |a_{ij}|, \qquad \forall i.
<center><math>\displaystyle |a_{ii}| > \sum_{j\neq i} |a_{ij}|, \qquad \forall i.
</math></center>
</math></center>
==Pamięć hierarchiczna komputerów. Biblioteki BLAS, LAPACK==
W poprzednim wykładzie sprawdziliśmy, jaki jest koszt obliczeniowy algorytmu
eliminacji Gaussa. Jednak w obecnym świecie istotna jest nie tylko liczba
operacji arytmetycznych, ale także koszt pobrania danych z pamięci. Za chwilę
zobaczymy, że poprzez ''reorganizację kolejności obliczeń'' w algorytmie
eliminacji Gaussa, możemy dostać algorytm (tzw. algorytm blokowy), którego
implementacja, choć znacznie mniej czytelna niż powyżej, będzie ''znacznie''
szybsza!
Bez dostatecznie szybkiej pamięci, procesor -- zamiast liczyć -- będzie
większość czasu czekał na dane, a jego efektywność drastycznie spadnie. Z
niewielką przesadą można powiedzieć, że
<blockquote  style="background-color:#fefeee">  W optymalizacji szybkości działania programu numerycznego,
obecnie cała walka idzie o to, by procesor przez cały czas ''miał co liczyć''.
</blockquote>
Szczególnie jest to widoczne w algorytmach, które wykonują bardzo dużo operacji
na dużej liczbie
danych --- a tak jest m.in. w algorytmach algebry liniowej takich jak mnożenie
dwóch macierzy, czy rozwiązywanie układów równań liniowych: te algorytmy
najczęściej operują na <math>\displaystyle O(N^2)</math> danych i wykonują aż <math>\displaystyle O(N^3)</math> działań.
Ponieważ szybka pamięć komputerowa jest jednocześnie bardzo droga,
konstruktorzy komputerów osobistych stoją przed wykluczającymi się celami: z
jednej strony powinni zapewnić użytkownikowi jak najwięcej pamięci, z drugiej
zaś -- chcieliby zapewnić użytkownikowi jak najszybszą pamięć. Sprzeczność tych
dążeń ujawnia się, gdy dołączyć do nich trzecie, ale zasadnicze wymaganie:
całość ma być w rozsądnej cenie... Ostatecznie więc, z biegiem lat dramatycznie
pogłębia się przepaść pomiędzy  prędkością (podwajającą się, zgodnie z
heurystycznym prawem Moore'a, co półtora roku) procesora, a prędkością pamięci
RAM, do której procesor musi się odwoływać.
Powszechnie przyjętym sposobem pogodzenia tych sprzeczności jest pamięć
hierarchiczna.  Koncept polega na tym, że część pamięci, która najczęściej komunikuje się z  procesorem,
jest bardzo szybka (lecz jest jej relatywnie mało), natomiast pozostała pamięć
jest wolniejsza, za to może jej być bardzo dużo.
W praktycznej realizacji, zamiast dwóch poziomów pamięci (mała-szybka i
duża-wolna), w komputerze występuje wiele poziomów:
* rejestry procesora
* ''cache ''(pamięć podręczna) procesora
* ''cache ''drugiego poziomu (ostatnio także wbudowywana do procesora)
* pamięć operacyjna (RAM): główna pamięć komputera
* pamięć zewnętrzna (np. twardy dysk)
* pamięć masowa (CD-ROM, taśma streamera, itp.)
Efektywność działania komputera, zwłaszcza w wielkoskalowych obliczeniach
numerycznych, bardzo istotnie zależy od skutecznego wykorzystania hierarchii
pamięci tak, by jak największa część operacji była wykonywana na zmiennych
znajdujących się w danej chwili w jak najszybszej pamięci procesora.
Kluczem do skutecznego wykorzystania hierarchii pamięci jest zasada
lokalności w czasie i w przestrzeni:
<blockquote  style="background-color:#fefeee"> 
* '''Lokalność w czasie:''' Używać danego fragmentu pamięci intensywnie, ale rzadko.
* '''Lokalność w przestrzeni (adresowej):''' W danej chwili, odnosić
się do adresów pamięci leżących blisko siebie.
</blockquote>
Zachowanie zasady lokalności w czasie jest bardzo ważne dla efektywnego
wykorzystania cache'a -- ze względu na małe rozmiary tej pamięci, wymiana
zmiennych może być tam intensywna. Zasada lokalności w przestrzeni też jest
ważna, przy czym nie tylko ze względu na efektywne wykorzystanie cache'a, ale
także dla efektywnego wykorzystania pamięci
wirtualnej.
===Jak napisać kod źle wykorzystujący pamięć podręczną?===
Choć programista nie ma bezpośredniego wpływu na opisane powyżej działania
systemu operacyjnego i ''hardware '''u (zarządzających, odpowiednio, pamięcią
wirtualną i ''cache ''), to przez właściwe projektowanie algorytmów -- a
zwłaszcza: ich ''właściwą'' implementację -- może spowodować, że jego
programy nie będą zmuszały komputera do nieracjonalnych zachowań. Jak się
okazuje, całkiem łatwo nieświadomie tworzyć programy przeczące zasadom
efektywnego wykorzystania hierarchii pamięci. Na potwierdzenie zacytujmy klasyczny już przykład mnożenia dwóch macierzy.
W programie wykonujemy operację mnożenia dwóch macierzy <math>\displaystyle 1024\times 1024</math> przy
użyciu kilku ''matematycznie równoważnych'' algorytmów (nazwaliśmy je umownie
ijk, ikj, bikj(<math>\displaystyle \cdot</math>) --- nazwy pochodzą od sposobu organizacji pętli, zob.
poniżej), zaimplementowanych w programie C, wykorzystującym technikę
pozwalającą przechowywać macierze w pamięci komputera kolumnowo. Dla porównania zmierzyliśmy czas
wykonania tej samej operacji przy użyciu wyspecjalizowanych bibliotek z
pakietów BLAS (algorytm DGEMM) i ATLAS (algorytm ATLAS DGEMM). Oto jakie wyniki uzyskaliśmy dla obliczeń w
arytmetyce podwójnej precyzji <code>double</code> na maszynie z procesorem AMD Duron
i zegarem 1.1 GHz:
{| border=1
|+ <span style="font-variant:small-caps"> </span>
|-
|
Algorytm  ||  ijk  ||  ikj  ||  bikj(16)  ||  bikj(32)  ||  DGEMM  ||  ATLAS DGEMM
|-
|
Czas (s)  ||  320.49  ||  24.28  ||  8.68  ||  30.45  ||  25.72  ||  2.58
|-
|
Mflop/s  ||  10.06  ||  132.67  ||  371.11  ||  105.79  ||  125.24  ||  1248.53
|-
|
|}
Jak widać, różnice pomiędzy --- podkreślmy, matematycznie równoważnymi ---
algorytmami są bardzo znaczące; w szczególności  algorytm ijk wydaje się nie do
przyjęcia! Powodem różnic musi być, ponieważ liczba wykonanych operacji
arytmetycznych jest identyczna, odmienne wykorzystanie pamięci ''cache ''
wynikające z organizacji dostępu do pamięci w  naszych algorytmach.
Przedyskutujmy to dokładniej.
====Algorytm ijk====
<div class="code" style="background-color:#e8e8e8; padding:1em"><pre>
/* ijk */
for (i <nowiki>=</nowiki> 0; i < N; i++)
for (j <nowiki>=</nowiki> 0; j < N; j++)
for (k <nowiki>=</nowiki> 0; k < N; k++)
C[i*N+j] +<nowiki>=</nowiki> A[i*N+k]*B[k*N+j];
</pre></div>
Jest to algorytm, który zapewne większości z Czytelników pierwszy przyszedłby
do głowy, gdyż realizuje wprost powszechnie znaną regułę mnożenia macierzy
"wiersz przez kolumnę". W pamięci ''cache ''L1 mieści się 64KB danych i
jest ona podzielona na 512 klas odpowiadających kolejnym liniom pamięci. W
każdej klasie można zmieścić 2 linie pamięci (Duron ma
''2-way set associative cache''), a w każdej linia pamięci (i ''cache '''a) składa się z 64
bajtów, czyli mieści 8 liczb <code>double</code>.
Odwołując się w najgłębszej pętli do kolejnych elementów macierzy <math>\displaystyle A</math> ''oraz'' <math>\displaystyle B</math> powodujemy, że przy odwoływaniu się do <math>\displaystyle B</math>,
''cache miss ''następuje praktycznie w każdym kroku. Dzieje się tak dlatego,
że wymiary naszych macierzy są wielokrotnością 512: odwołując się
do kolejnych <code>B[k*N+j]</code>, <code>k</code> <nowiki>=</nowiki> <math>\displaystyle 0\ldots N</math>, odwołujemy się do co
1024. elementu wektora B, a zatem kolejne odwołania lądują w tej samej sekcji
''cache '''a -- która mieści ledwie 2 linie. Skutkiem tego, że w każdym
obrocie pętli mamy chybienie, jest złudzenie pracowania z komputerem ''bez'' pamięci ''cache ''(a nawet gorzej, bo ''cache miss ''dodatkowo
kosztuje) czyli jakby z komputerem o szybkości 10&nbsp;MHz <nowiki>=</nowiki>  100&nbsp;MHz/10 (bo
magistrala (''bus '') jest taktowana 100&nbsp;MHz, a odwołanie do pamięci RAM
kosztuje mniej więcej 10 cykli magistrali). I rzeczywiście, wyniki zdają się to
potwierdzać.
====Algorytm ikj====
Różni się on od poprzedniego jedynie
kolejnością dwóch wewnętrznych pętli:
<div class="code" style="background-color:#e8e8e8; padding:1em"><pre>
/* ikj */
for (i <nowiki>=</nowiki> 0; i < N; i++)
for (k <nowiki>=</nowiki> 0; k < N; k++)
for (j <nowiki>=</nowiki> 0; j < N; j++)
C[i*N+j] +<nowiki>=</nowiki> A[i*N+k]*B[k*N+j];
</pre></div>
Okazuje się, że taka prosta zmiana dramatycznie poprawia sytuację!
Tym razem, w odwołaniu do <math>\displaystyle B</math> w wewnętrznej pętli, ''cache miss '' będzie
następował ośmiokrotnie rzadziej, gdyż odwołując się do ''kolejnych''
elementów wektora <code>B</code>, znacznie częściej odwołujemy się do danych
znajdujących się w ''cache '',
zachowując zasadę ''lokalności w przestrzeni'': ponieważ w linii ''cache '''a
mieści się osiem ''kolejnych'' elementów wektora  <code>B</code>. Stąd
znaczące przyspieszenie (więcej niż ośmiokrotne --- dlaczego?).
====Algorytm bikj()====
Algorytm bikj(16) jest prostą wersją algorytmu blokowego operującego w sposób
"ikj" na blokach macierzy wymiaru <math>\displaystyle 16\times 16</math>:
<div class="code" style="background-color:#e8e8e8; padding:1em"><pre>
/* bikj(16) */
for (i <nowiki>=</nowiki> 0; i < N; i+<nowiki>=</nowiki>16)
for (k <nowiki>=</nowiki> 0; k < N; k+<nowiki>=</nowiki>16)
for (j <nowiki>=</nowiki> 0; j < N; j+<nowiki>=</nowiki>16)
for (ii <nowiki>=</nowiki> i; ii < i+15; ii++)
for (kk <nowiki>=</nowiki> k; kk < k+15; kk++)
for (jj <nowiki>=</nowiki> j; jj < j+15; jj++)
C[ii*N+jj] +<nowiki>=</nowiki> A[ii*N+kk]*B[kk*N+jj];
</pre></div>
(podobnie działał algorytm bikj(32), tym razem na blokach <math>\displaystyle 32\times 32</math>).
Wadą poprzedniego algorytmu, ikj, było to, że w dwu zewnętrznych pętlach powracał do
wszystkich <math>\displaystyle N^2</math> wartości <math>\displaystyle C</math> i <math>\displaystyle B</math>, przecząc zasadzie ''lokalności  w
czasie''. Wydzielenie w algorytmie bijk(16) operacji na blokach macierzy ma na celu uniknięcie tego
problemu: trzy najbardziej zewnętrzne pętle to <math>\displaystyle (1024/16)^3</math> obrotów, czyli
czterokrotnie mniej niż dwie najbardziej zewnętrzne pętle w poprzednim
algorytmie. Gdyby udało się zachować liczbę ''cache misses ''na poprzednim poziomie,
można byłoby liczyć na czterokrotne przyspieszenie. 
====Algorytmy DGEMM i ATLAS DGEMM====
Algorytm DGEMM to był algorytm mnożenia macierzy z pakietu BLAS --- jest to
właśnie profesjonalny algorytm blokowy, ale niezoptymalizowany na naszą
architekturę. Dopiero algorytm DGEMM podrasowany w pakiecie ATLAS dał nam
sprawność wynoszącą 1.2 Gflopów na sekundę -- czyli praktycznie
maksimum (''teoretycznie'', z Durona można wycisnąć dwa flopy w cyklu
zegara, co dawałoby <math>\displaystyle r_{\max}</math> <nowiki>=</nowiki> 2.2 Gflop/s, ale w praktyce jest to mało
prawdopodobne) tego,
co da się wycisnąć z tej wersji Durona na liczbach podwójnej precyzji.
===Macierze w pamięci komputera===
Do implementacji algorytmów numerycznych powszechnie używa się dwóch języków:
Fortranu i C. Zgodnie z naszą konwencją, skupimy się na programach w C, nie
możemy jednak przejść obojętnie wobec faktu, że jest bardzo wiele znakomitego
oprogramowania numerycznego w Fortranie. Zajmiemy się
metodą włączenia podprogramów fortranowskich do programu w C. Zanim jednak to
uczynimy, musimy zauważyć, że oba języki przechowują macierze w pamięci
komputera w odmienny sposób, co stanowi źródło potencjalnych poważnych kłopotów
na styku tych języków. Dlatego teraz zechcemy szczegółowo
przyjrzeć się temu, jak oba te języki przechowują w pamięci macierze i
opracować sposoby postępowania gwarantujące zgodność programów w obu
językach.
W Fortranie, elementy macierzy są przechowywane w pamięci kolumnami, tzn. jeśli
mamy do czynienia z macierzą prostokątną <math>\displaystyle n\times m</math> o elementach <math>\displaystyle a_{ij}</math>,
<math>\displaystyle i=1\ldots n</math>, <math>\displaystyle j=1\ldots m</math>,
<center><math>\displaystyle
\begin{pmatrix}
a_{11} & \cdots & a_{1m}\\
\vdots &        & \vdots\\
a_{n1} & \cdots & a_{nm}
\end{pmatrix} .
</math></center>
to  kolejne miejsca w przestrzeni adresowej
zajmują elementy
<center><math>\displaystyle a_{11}, a_{21},\ldots, a_{n1}, a_{12}, a_{22}, \ldots, a_{n2},
\ldots a_{nm}.
</math></center>
Dla odmiany, C przechowuje w pamięci elementy macierzy wierszami, tzn. kolejno
<center><math>\displaystyle a_{11}, a_{12},\ldots, a_{1m}, a_{21}, a_{22}, \ldots, a_{2m}, \ldots
a_{nm}.</math></center>
Co więcej, standard nie gwarantuje, że kolejne wiersze macierzy będą
przechowywane w przylegających do siebie obszarach pamięci. Bierze się to stąd,
że w C macierz dwuwymiarowa jest w istocie tablicą wskaźników do kolejnych
wierszy.
To zaś powoduje kolejne komplikacje. Otóż w procedurach numerycznych bardzo
często pragniemy  dynamicznie przydzielać pamięć na tablice, to znaczy dopiero
w trakcie działania procedury, gdyż dopiero w trakcie obliczeń procedura
otrzymuje np. informację o rozmiarze potrzebnej macierzy.  Przykładowo, program w C,
który wykonywałby dynamicznie przydzielałby pamięć na dwuwymiarową tablicę,
musiałby:
* przydzielić pamięć na tablicę wskaźników do wierszy
* każdemu wskaźnikowi do wiersza przydzielić pamięć na pojedynczy wiersz
To jest jeden z licznych powodów, dla których posługując się macierzami w C
będziemy stosowali pewien prosty ''trick ''.
Otóż przyjmiemy konwencję, że nie będziemy wcale korzystać z macierzy
dwu- i więcejwymiarowych, a elementy macierzy zapiszemy do jednego odpowiednio
długiego wektora. W ten sposób wszystkie elementy macierzy zajmą spójny
obszar pamięci. Przykładowo, macierz wymiaru <math>\displaystyle n\times m</math> będziemy zapisywali do wektora
o długości <math>\displaystyle n\cdot m</math>.
Mając pełną dowolność wyboru sposobu ułożenia elementów macierzy w wektorze,
wybierzemy zazwyczaj układ kolumnowy (czyli fortranowski) (niektóre biblioteki w
C (np. [http://www.fftw.org  FFTW]) wymagają jednak układu wierszowego!),
co ma dwie zalety: po pierwsze, da nam zgodność z Fortranem, a po drugie, może
potencjalnie uprościć nam optymalizację "książkowych" algorytmów, których
większość była i często nadal jest pisana z myślą o implementacji w Fortranie.
Złudzenie korzystania z macierzy dwuwymiarowej da nam zaś makro, lokalizujące
<math>\displaystyle (i,j)</math>-ty element macierzy w wektorze przechowującym jej elementy. Dodatkowo,
makro tak skonstruowaliśmy, aby móc indeksować elementy macierzy poczynając od
1, czyli <math>\displaystyle a_{ij}</math>, <math>\displaystyle i=1\ldots n</math>, <math>\displaystyle j=1\ldots m</math>.
Poniżej pokazuje przykładowy fragment kodu realizującego opisaną wyżej ideę.
Zwróćmy uwagę na dwa sposoby odwoływania się do elementów macierzy. Za pierwszym
razem, odwołujemy się do kolejnych elementów wektora <code>matrix</code>, gdyż pętle są
ustawione tak, by przechodzić przez macierz wzdłuż kolejnych kolumn. Dlatego nie
jest tu konieczne użycie makra <code>IJ()</code>, a sprytne wykorzystanie
pointera <code>ptr</code>
pozwala na zrezygnowanie z operacji mnożenia przy odwoływaniu się do kolejnych
elementów macierzy.
Za drugim razem chcemy wydrukować naszą macierz na ekranie, musimy więc
odwoływać się do kolejnych ''wierszy'' macierzy (a więc, z punktu
wykorzystania cache i hierarchii pamięci, fatalnie! -- na szczęście I/O jest
znacznie wolniejszy od najwolniejszej nawet pamięci RAM). Tym razem więc nie
unikniemy wywołania makra <code>IJ()</code> (i obliczania wyrażenia <code>i+j*N</code>) przy
każdym obrocie wewnętrznej pętli.
Inne zalety takiego podejścia do przechowywania macierzy w C to:
* łatwy dostęp do takich macierzy z funkcji fortranowskich
* właściwie opracowane makro <code>IJ()</code>  pozwala na ominięcie
problemu indeksowania elementów macierzy (w C macierze indeksujemy od zera, gdy
tymczasem we wszelkich "ludzkich" algorytmach (i, dodajmy, np. w Octave i
MATLABie), elementy macierzy indeksowane są od "1";
* jawny sposób ułożenia elementów macierzy w pamięci zwiększa przenośność i
odporność implementowanych procedur
Ceną jaką za to płacimy, jest używanie za każdym razem makra w celu odwołania
się do  konkretnego elementu macierzy. Ponadto, można byłoby się przyczepić do
niepotrzebnie wielokrotnego wyznaczania tego samego iloczynu <code>j*N</code>, gdy
odwołujemy się do kolejnych elementów kolumny macierzy. Jest to (niewygórowana,
moim zdaniem) cena, jaką płacimy za przejrzystość, czytelność, elastyczność i
"wielojęzyczność" (C/Fortran) naszego programu. Dodajmy, że opisane podejście
nie jest niczym nowym w praktyce numerycznej i jest stosowane w wielu dobrych
bibliotekach numerycznych; można tu wymienić np. doskonały skądinąd pakiet
CVODE (macierz w wektorze plus makra <code>IJ()</code>) czy też pakiet CLAPACK
(macierz w wektorze).
Przypomnijmy przy okazji, że ze względu na konstrukcję ''cache '''a  spotykaną
np. w procesorach Intela i AMD, czasem warto stosować tzw. ''array padding ''
w przypadku, gdy mamy do czynienia z macierzami o wymiarach będących dużą
potęgą dwójki.
===Włączenie zewnętrznej biblioteki fortranowskiej
do programu===
Wiele spośród doskonałych bibliotek numerycznych zostało napisanych w Fortranie
77 (np. ARPACK, LAPACK, ODEPACK). Tymczasem, nasze programy zdecydowaliśmy się
pisać w języku C. Na
szczęście, istnieje prosty sposób wykorzystania gotowych pakietów
fortranowskich przez zewnętrzne programy w C: wystarczy skorzystać z genialnej
biblioteki <code>f2c</code> lub jej modyfikacji na użytek kompilatora GCC,
biblioteki <code>gfortran</code>.
Najczęściej jest tak, że daną bibliotekę (fortranowską) instalujemy na swoim
komputerze z plików źródłowych (np. ściągniętych z Internetu). Instalacja
takiej biblioteki, powiedzmy, LAPACK'a, kończy się utworzeniem pliku
<code>liblapack.a</code>, zawierającego skompilowane wszystkie funkcje tej
biblioteki.
Z uwagi na względnie powszechną dostępność LAPACKa w pakietach RPM,
właśnie na przykładzie tych bibliotek omówimy sposób wykorzystania bibliotek
fortranowskich w
programie w C.
Napiszemy program, który będzie liczył normę zadanego
wektora, korzystając z funkcji <code>DNRM2</code> biblioteki BLAS.
Najpierw musimy zorientować się, jak wygląda schemat wywołania takiej funkcji w
Fortranie. Otóż funkcja wygląda następująco:
<div class="code" style="background-color:#e8e8e8; padding:1em"><pre>
      DOUBLE PRECISION FUNCTION DNRM2 ( N, X, INCX )
*    .. Scalar Arguments ..
      INTEGER                          INCX, N
*    .. Array Arguments ..
      DOUBLE PRECISION                  X( * )
*    ..
*
*  DNRM2 returns the euclidean norm of a vector via the function
*  name, so that
*
*    DNRM2 :<nowiki>=</nowiki> sqrt( x'*x )
*
i tak dalej...
</pre></div>
Tak więc nasza funkcja obliczająca normę wektora ma trzy argumenty: <code>N</code> --
długość wektora (<code>INTEGER</code>), <code>X</code> -- wektor, którego długość chcemy
obliczyć (tablica liczb <code>DOUBLE PRECISION</code>) oraz tajemniczy dodatkowy parametr
<code>INCX</code> typu <code>INTEGER</code> -- jest to wartość skoku, określająca co który
element wektora uwzględnić w obliczaniu normy: aby policzyć normę całego
wektora, bierzemy <code>INCX</code> równe 1. Używając zapisu Octave, <code>DNRM2</code>
oblicza po prostu
<div class="code" style="background-color:#e8e8e8; padding:1em"><pre>
norm( X(1:INCX:N) )
</pre></div>
Kod obiektowy tej funkcji znajduje się już w bibliotece BLAS, zawartej w pliku
<code>libblas.a</code>. Chcielibyśmy wykorzystać tę funkcję w programie w C, a jak
wiadomo, każda funkcja w C powinna mieć swój prototyp. Jaki powinien być ''prototyp'' tej funkcji?
Przede wszystkim, zacznijmy od nazwy. W przypadku kompilatora
<code>gcc</code>/<code>gfortran</code>, nazwą funkcji do wykorzystania w C będzie
<code>dnrm2_</code> (tak! małymi literami i z przyrostkiem "<code>_</code>").
Jeśli zaś chodzi o argumenty, to zapewne co do drugiego nie będziemy mieli
wątpliwości: jako wektor <code>X</code> przekażemy -- naturalnie -- ''wskaźnik'' do
tablicy <code>X</code> (typu <code>double</code>), czyli po prostu: jej nazwę. Co z
pozostałymi argumentami? Okazuje się, że reguła jest niezmienna:
Każdy argument funkcji fortranowskiej zastępujemy ''wskaźnikiem'' do odpowiedniego typu:
{| border=1
|+ <span style="font-variant:small-caps"> </span>
|-
|
Fortran 77  ||  C
|-
|
INTEGER  ||  int
|-
| REAL  ||  float
|-
| DOUBLE PRECISION  ||  double
|-
| COMPLEX  ||  struct { float Re, Im; }
|-
| DOUBLE COMPLEX  ||  struct { double Re, Im; }
|-
| CHARACTER  ||  char
|-
|
|}
<blockquote  style="background-color:#fefeee">  Wszystkim argumentom macierzowym danego typu w Fortranie
(reprezentującym macierze jedno-, dwu-, i więcejwymiarowe) przypisujemy w C
(pojedynczy) wskaźnik do tego typu (o czym w będzie mowa w następnym
przykładzie). </blockquote> 
A więc pierwszym i trzecim argumentem funkcji <code>dnrm2_</code>
będą wskaźniki do <code>int</code>. Ponieważ
funkcja <code>DNRM2</code> zwraca w wyniku liczbę podwójnej precyzji, to ostatecznie
prototyp naszej funkcji w C będzie następujący:
<div class="code" style="background-color:#e8e8e8; padding:1em"><pre>
double dnrm2_(int* N, double* X, int* INCX);
</pre></div>
No to wykorzystajmy naszą funkcję:
<div class="code" style="background-color:#e8e8e8; padding:1em"><pre>
/* Wykorzystanie funkcji DNRM2 fortranowskiej biblioteki BLAS w programie w C*/
#include <stdio.h>
double dnrm2_(int*,double*,int*);
int main(void)
{
int n, incx<nowiki>=</nowiki>1;
double x[3]<nowiki>=</nowiki> {0,1,2};
n <nowiki>=</nowiki> 3;
printf("Norma podanego wektora: \%e\n", dnrm2_(&n, x, &incx));
return(0);
}
</pre></div>
Zwróćmy uwagę na sposób kompilacji tego programu:
<div class="code" style="background-color:#e8e8e8; padding:1em"><pre>
gcc -o testblas testblas.c -lblas -lgfortran -lm
</pre></div>
oprócz biblioteki BLAS, co
naturalne, musimy dołączyć jeszcze bibliotekę matematyczną (może być
wykorzystywana przez BLAS!) oraz, co bardzo ważne,  specjalną bibliotekę:
<code>gfortran</code>, umożliwiającą koegzystencję Fortranu i
C.
====Funkcja fortranowska z argumentem macierzowym====
Należy szczególną uwagę zwrócić na argumenty macierzowe funkcji w Fortranie,
gdyż bardzo łatwo tu o pomyłkę, którą potem trudno wychwycić. Aby niepotrzebnie
nie komplikować przykładu subtelnościami funkcji BLAS, rozważmy kod źródłowy
prostej funkcji w Fortranie 77, która po prostu wypełnia liczbami pewną macierz
wymiaru <math>\displaystyle M\times N</math>:
<div class="code" style="background-color:#e8e8e8; padding:1em"><pre>
SUBROUTINE FILLMATRIX ( M, N, MATRIX )
INTEGER M,N
DOUBLE PRECISION MATRIX(M, N)
DO 10 I<nowiki>=</nowiki>1,M
DO 20 J<nowiki>=</nowiki>1,N
MATRIX(I,J) <nowiki>=</nowiki> I+2*J
20 CONTINUE
10 CONTINUE
END
</pre></div>
Nawet osoby nie znające Fortranu domyślą się, że wynikiem działania naszej
funkcji, np. dla <math>\displaystyle M=2</math>, <math>\displaystyle N=5</math>, będzie macierz
<center><math>\displaystyle
\lstF{MATRIX} =
\begin{pmatrix}
3 & 5 & 7 & 9 & 11 \\
4 & 6 & 8 & 10 & 12
\end{pmatrix}
</math></center>
Naturalnie, możemy wywołać ją wprost z programu w C przy użyciu poprzednio
poznanej techniki i następującego kodu (tym razem prototyp funkcji
<code>fillmatrix_</code> umieszczamy w osobnym pliku nagłówkowym <code>ffortran.h</code>,
gdzie mamy zamiar kolekcjonować prototypy w C lokalnie wykorzystywanych funkcji
fortranowskich):
<div class="code" style="background-color:#e8e8e8; padding:1em"><pre>
/*Wykorzystanie funkcji fortranowskiej operującej na macierzy.
Zwróćmy uwagę na sposób użycia argumentu macierzowego*/
#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
int fillmatrix_(int *, int *, double *);
int main()
{
int MM, NN, i, j;
double *A;
  MM <nowiki>=</nowiki> 2; NN <nowiki>=</nowiki> 5;
A <nowiki>=</nowiki> (double *)malloc(MM*NN*sizeof(double));
  fillmatrix_( &MM, &NN, A );
printf("\nKolejne elementy wektora A:\n\n"); 
  for ( i <nowiki>=</nowiki> 0; i < NN*MM ; i++ ){
printf("\%e\n", A[i] );
}
printf("\nWektor A zinterpretowany jako macierz:\n\n"); 
for ( j <nowiki>=</nowiki> 0 ; j < MM ; j++ )
{
  for ( i <nowiki>=</nowiki> 0; i < NN ; i++ )
  printf("\%e ", A[i*MM+j] );
printf("\n");
  }
  free( A );
  return(0);
}
</pre></div>
Zauważmy, że mimo iż funkcja fortranowska odwołuje się do macierzy ''dwuwymiarowej'', jako argument jej wywołania w C przekazujemy ''tablicę
jednowymiarową'' odpowiedniej wielkości.
===BLAS, LAPACK i ATLAS===
W zadaniach dotyczących macierzy gęstych, warto skorzystać z klasycznego tandemu
bibliotek: [http://www.netlib.org/blas  BLAS] (''Basic Linear Algebra Subprograms '')
oraz [http://www.netlib.org/lapack  LAPACK] (''Linear Algebra PACKage '') . Dla macierzy
rozrzedzonych (zawierających wiele elementów zerowych) warto zastosować bardziej
wyspecjalizowane biblioteki. Aby wykorzystać do maksimum moc oferowaną przez te
biblioteki (w połączeniu z naszym komputerem) warto skorzystać z optymalizowanej
wersji BLASów i LAPACKa, czyli z [http://math-atlas.sourceforge.net  ATLAS]a,  . Istnieje inna
wersja optymalizowanych BLASów, tzw. Goto BLAS. Niektóre procedury ATLASa są
istotnie szybsze od standardowych BLASów, dając, przykładowo dla zadania
mnożenia dwóch macierzy (na komputerze z procesorem Pentium 4 i
dostatecznie dużych macierzy), '''ponaddziesięciokrotne przyspieszenie''' na
zmiennych typu <code>float</code> i <code>double</code> i około pięciokrotne  na zmiennych
typu <code>complex </code> i <code>double complex</code>.
Aby osiągnąć największe przyspieszenie, bibliotekę ATLAS należy skompilować
samemu na własnej (''nieobciążonej'' w trakcie kompilacji!) architekturze. W plikach
<code>Makefile</code> ATLASa brak jednak opcji instalacji bibliotek w standardowych
miejscach --- trzeba zrobić to samemu.
BLAS i LAPACK są często wykorzystywane przez inne biblioteki numeryczne,
na nich opierają się również funkcje macierzowe w Octave i MATLABie.
Optymalizowane biblioteki BLAS i LAPACK dla swoich architektur oferują
producenci procesorów Intel (biblioteka [http://www.intel.com/cd/software/products/asmo-na/eng/perflib/mkl  MKL]) oraz AMD (biblioteka
[http://developer.amd.com/acml.aspx  ACML])
BLAS  jest kolekcją procedur służących manipulacji podstawowymi obiektami
algebry liniowej: skalarami, wektorami i macierzami. Obsługiwane są obiekty
rzeczywiste (w pojedynczej albo podwójnej precyzji) oraz zespolone (także w
dwóch precyzjach). W BLAS wyróżnia się 3 poziomy abstrakcji algorytmów:
* BLAS Level 1 -- działania typu wektor-wektor, np. operacja AXPY, czyli
uogólnione
dodawanie wektorów
<center><math>\displaystyle
y \leftarrow \alpha x + y,
</math></center>
albo obliczanie normy wektora. BLAS Level 1 ma za zadanie porządkować kod;
* BLAS Level 2 -- działania typu macierz--wektor, np. mnożenie macierzy
przez wektor
<center><math>\displaystyle
y \leftarrow \alpha A x + y
</math></center>
Zapis algorytmów z użyciem BLAS Level 2 umożliwia potencjalnie przyspieszenie
programu, m.in. ze względu na to, że zoptymalizowane procedury BLAS Level 2 mogą np.
wykorzystywać instrukcje wektorowe nowoczesnych procesorów;
* BLAS Level 3 -- operacje typu macierz--macierz, np. mnożenie dwóch
macierzy:
<center><math>\displaystyle
C \leftarrow \alpha A\cdot B + C
</math></center>
W związku z tym, że operacje macierzowe wymagają wykonania <math>\displaystyle O(N^3)</math> działań
arytmetycznych przy
<math>\displaystyle O(N^2)</math>  danych (gdzie <math>\displaystyle N</math> jest wymiarem macierzy), wykorzystanie
zoptymalizowanych procedur BLAS Level 3 może znacząco przyspieszyć wykonywanie
obliczeń na maszynach z pamięcią hierarchiczną.
Podsumowując: przyjmijmy, że dysponujemy dobrze zoptymalizowaną biblioteką BLAS.
Wówczas dany algorytm algebry liniowej najlepiej zapisać przy użyciu procedur  BLAS Level
3, naturalnie, pod warunkiem, że w ogóle daje się to zrobić; typową strategią w
takim wypadku jest tworzenie algorytmów blokowych, operujących na ''blokach''
macierzy, zamiast na jej pojedynczych elementach.
Większość użytkowników BLAS nie będzie jednak miała potrzeby pisania własnych
algorytmów blokowych, gdyż funkcje rozwiązujące podstawowe zadania numerycznej
algebry liniowej: rozwiązywanie układów równań (także nad- i niedookreślonych)
oraz zadania własnego, znajdują się w doskonałym pakiecie LAPACK
, który
intensywnie i skutecznie wykorzystuje podprogramy BLAS.
Nazwy procedur BLASów i
LAPACKa są cokolwiek enigmatyczne na pierwszy rzut oka, ale w istocie bardzo
łatwo je odgadywać. Każda nazwa składa się z kilku części, najczęściej jest
postaci <code>PRRFF</code>, gdzie
;
:  <code>P</code> oznacza precyzję i może przyjmować
wartości: S,D,C,Z, odpowiadające kolejno pojedynczej  i podwójnej precyzji w
dziedzinie
rzeczywistej i pojedynczej  i podwójnej precyzji w dziedzinie zespolonej;
;
:  <code>RR</code> oznacza rodzaj zadania, np. GE oznacza ''GEneral '', czyli zadanie ogólne
(praktycznie bez założeń), a SY oznacza ''SYmmetric '', czyli zadanie symetryczne;
;
:  <code>FF</code> wreszcie określa samo zadanie, np. SV oznacza
''SolVe ''(w domyśle: układ równań), MV --- ''Matrix-Vector ''(w domyśle: mnożenie), 
EV --- ''EigenValues '', czyli wartości własne, itp. Są też warianty
trzyliterowe, np. TRF (''TRiangular Factorization '') i TRS  (''TRiangular
Solve ''--- w domyśle, przy użyciu wcześniej wyznaczonej faktoryzacji)
Jeśli jednak ''nie możemy zgadnąć'', jaka jest nazwa procedury BLAS/LAPACKa,
która byłaby nam potrzebna,
najlepiej przejrzeć (przeszukać) strony internetowe tych pakietów w serwisie
Netlib.
Zestawienie najczęściej wykorzystywanych procedur BLAS i LAPACKa przedstawiamy
poniżej. Każda z tych procedur ma swój wariant "ekspercki", np. dla
rozwiązywania układów równań metodą eliminacji Gaussa można skorzystać z
osobnych procedur generujących rozkład LU oraz z innych, rozwiązujących układy
trójkątne.
{| border=1
|+ <span style="font-variant:small-caps"> </span>
|-
|
Zadanie algebry liniowej  ||  Nazwa procedury BLAS/LAPACK
|-
|
mnożenie wektora przez macierz  ||  DGEMV
|-
| mnożenie macierzy przez macierz  ||  DGEMM
|-
|
rozwiązywanie układu równań  ||  DGESV
|-
| rozkład LU (w miejscu)  ||  DGETRF
|-
| rozwiązywanie układu z rozkładem uzyskanym  z DGETRF  ||  DGETRS
|-
|
rozwiązywanie układu z macierzą symetryczną  ||  DSYSV
|-
| rozkład LDL<math>\displaystyle ^T</math> macierzy symetrycznej (w miejscu)  ||  DSYTRF
|-
| rozwiązywanie układu z rozkładem uzyskanym z DSYTRF  ||  DSYTRS
|-
|
rozwiązywanie układu z macierzą pasmową  ||  DGBSV
|-
| rozkład LU macierzy pasmowej (w miejscu)  ||  DGBTRF
|-
| rozwiązywanie układu z rozkładem uzyskanym  z DGBTRF  ||  DGBTRS
|-
|
zagadnienie własne  ||  DGESV
|-
|
|}
====Mnożenie macierz-wektor w BLAS====
Zacznijmy od prostej procedury BLAS Level 2, jaką jest mnożenie macierzy przez
wektor. Wykorzystamy tzw. wzorcową implementację BLASów (niezoptymalizowaną)
dostarczaną z dystrybucją np. Red Hat Linux. Jest to  biblioteka funkcji
fortranowskich.
Naszym zadaniem jest wykonanie operacji
<center><math>\displaystyle
y \leftarrow  \alpha A x + y,
</math></center>
gdzie <math>\displaystyle A</math> jest zadaną macierzą <math>\displaystyle N\times M</math>, natomiast <math>\displaystyle y</math> jest wektorem o <math>\displaystyle M</math>
współrzędnych.
To zadanie realizuje procedura BLASów o nazwie
<code>DGEMV</code>. W rzeczywistości, ta procedura wykonuje ogólniejsze zadanie
wyznaczania wektora
<center><math>\displaystyle
y \leftarrow  \alpha B x + \beta y,
</math></center>
przy czym macierz <math>\displaystyle B</math> może być równa albo <math>\displaystyle A</math>, albo <math>\displaystyle A^T</math> (jednak za każdym
razem argumentem macierzowym, jaki przekazujemy <code>DGEMV</code>, jest wyjściowa
macierz <math>\displaystyle A</math>).
Jak wiemy, że jest możliwe bezpośrednie wykorzystanie
biblioteki fortranowskiej w programie w C, jednak musimy pamiętać, iż macierze z
jakich ona skorzysta muszą być ułożone ''kolumnami'' w jednolitym bloku
pamięci.
Bazując na opisie procedury <code>DGEMV</code> ze
strony \pageref{opis:dgemv}, w programie w C powinniśmy
napisać prototyp tej funkcji następująco:
<div class="code" style="background-color:#e8e8e8; padding:1em"><pre>
int dgemv_( char* TRANS,
int* M,
int* N,
double* ALPHA,
double* A, 
int* LDA, 
double* X, 
int* INCX,
double* BETA,
double* Y,
int* INCY );
</pre></div>
 
Dla własnej wygody, a także dla przyszłego wykorzystania, umieścimy ten
prototyp, razem z innymi przydatnymi drobiazgami (m.in. makro <code>IJ</code>
dające wygodny dostęp do macierzy niezależny od jej wewnętrznej reprezentacji, a
także zmienne całkowite
<code>static int BLASONE <nowiki>=</nowiki> 1, BLASMONE <nowiki>=</nowiki> -1;</code>), w pliku
nagłówkowym <code>blaslapack.h</code>.
Dalej już jest łatwo: oto pełny kod programu realizującego operację mnożenia macierzy przez wektor
przy użyciu procedury BLAS <code>DGEMV</code>:
<div class="code" style="background-color:#e8e8e8; padding:1em"><pre>
#include <stdio.h>
#include "blaslapack.h"
double* mmread(char *filename, int* N, int* M );
int main()
{
int N, M, i, j;
double *A, *x, *y;
/* wczytujemy macierz z pliku w formacie MatrixMarket */
/* macierz jest reprezentowana w formacie kolumnowym  */
A <nowiki>=</nowiki> mmread("mbeacxc.mtx", &N, &M );
x <nowiki>=</nowiki> (double *)malloc(N*sizeof(double));
y <nowiki>=</nowiki> (double *)malloc(M*sizeof(double));
for (i <nowiki>=</nowiki> 1; i <<nowiki>=</nowiki> N; i++)
x[IJ(i,1,N)] <nowiki>=</nowiki> (double)i;
/* obliczamy y <nowiki>=</nowiki> 5*A*x, korzystając z procedury BLAS L2: DGEMV */
{
char TRANS <nowiki>=</nowiki> 'N'; double ALPHA <nowiki>=</nowiki> 5.0, BETA <nowiki>=</nowiki> 0.0;
dgemv_(&TRANS, &N, &M, &ALPHA, A,  &N,  x,  &BLASONE,
                        &BETA, y, &BLASONE );
}
/* wydruk wyniku */
for (i <nowiki>=</nowiki> 1; i <<nowiki>=</nowiki> M; i++)
printf("\%E\n",y[IJ(i,1,M)]);
return(0);
}
</pre></div>
Zwróćmy uwagę na wykorzystanie "stałej" <code>BLASONE</code>, równej 1,
predefiniowanej w pliku <code>blaslapack.h</code>. Nasz program kompilujemy
standardowo, pamiętając o dołączeniu na etapie linkowania używanych przez nas
bibliotek:
<div class="code" style="background-color:#e8e8e8; padding:1em"><pre>
gcc -o testblas testblas.c -llapack -lblas -lgfortran -lm
</pre></div>
--- dokładnie ''w tej właśnie kolejności'' (LAPACK oczywiście w tym momencie
dołączamy na wyrost: nasz program nie korzysta z żadnej funkcji LAPACKa, wobec
tego opcja <code>-llapack</code> zostanie zignorowana).
Pamiętamy oczywiście, że standardowe BLASy i LAPACK nie są zoptymalizowane w
stopniu pozwalającym na (prawie) maksymalne wykorzystanie możliwości sprzętu.
Dla osiągnięcia maksymalnej efektywności kodu, trzeba skorzystać z
optymalizowanych BLAS, które obecnie są dostępne nawet w kilku wariantach na
architektury x86.

Wersja z 18:08, 1 wrz 2006

Układy równań liniowych

Czasem zadania obliczeniowe wymagają wykonania naprawdę wielkiej liczby obliczeń zmiennoprzecinkowych, przy czym wiele znanych, matematycznie równoważnych metod rozwiązywania takich zadań, ma diametralnie różne własności numeryczne. Bardzo ważną klasą takich zadań jest rozwiązywanie układów równań liniowych

Ax=b,

gdzie A jest nieosobliwą macierzą N×N, a dany wektor prawej strony bRN.

W praktyce spotyka się zadania z N=2,3,1000. Zdarzają się także czaem specjalne macierze o wymiarach nawet rzędu 108!

Rozwiązywanie układów równań liniowych jest sercem wielu innych algorytmów numerycznych, dlatego nie dziwi, że szacuje się, że około 75 procent czasu obliczeniowego superkomputerów jest wykorzystywanych właśnie na rozwiązywanie takich zadań.

Okazuje się, że kilka znanych w matematyce sposobów rozwiązywania układów równań liniowych, takie jak:

  • metoda wyznacznikowa (wzory Cramera)
  • obliczenie macierzy A1 i następnie x=A1b

nie nadają się do numerycznego rozwiązywania takich zadań.

O tym, jak skutecznie rozwiązywać takie zadania, jakie jest ich uwarunkowanie --- o tym traktują następne dwa wykłady. Okaże się, że jedną z dobrych metod jest metoda eliminacji Gaussa.

Proste układy równań

Niektóre układy równań można bardzo łatwo rozwiązać. Zgodnie z zasadą

Trudne zadania rozwiązujemy sprowadzając je do sekwencji łatwych zadań

w dalszej kolejności pokażemy, jak dowolny układ równań sprowadzić do sekwencji dwóch (czasem trzech) łatwych do rozwiązania układów równań. Ale... jakie układy równań są "łatwe"?

Układy z macierzą trójkątną

Rozważmy układ z macierzą trójkątną A. Będą nas szczególnie interesować macierze trójkątne górne, dla których ai,j=0 gdy i>j, oraz macierze trójkątne dolne z jedynkami na przekątnej, tzn. ai,j=0, i<j, oraz ai,i=1. Macierze pierwszego rodzaju będziemy oznaczać przez U, a drugiego rodzaju przez L.

L=(1*1**1***1****1),U=(***************)

Układ z nieosobliwą macierzą trójkątną górną

Ux=c,

U=(ui,j), c=(cj), można rozwiązać stosując algorytm:

Algorytm Podstawienie w tył



<math>\displaystyle x_N^*\, =\, c_N / u_{N,N}</math>;
for (i = N-1; i >= 1; i--)
	<math>\displaystyle x_i^*\,:=\,\left( c_i\,-\, \sum_{j=i+1}^N
	u_{i,j}x_j^*\right)/u_{i,i}</math>;

(Algorytm ten jest wykonalny, ponieważ nieosobliwość macierzy implikuje, że ui,i0, i.) Podobnie, układ Lx=c rozwiązujemy algorytmem:

Algorytm Podstawienie w przód



<math>\displaystyle x_1 = c_1</math>;
for (i=2; i <= N; i++)
	<math>\displaystyle x_i = c_i\,-\,\sum_{j=1}^{i-1} l_{i,j} x_j^*</math>;

Oba algorytmy wymagają rzędu N2/2 mnożeń lub dzieleń i N2/2 dodawań lub odejmowań, a więc łącznie O(N2) działań arytmetycznych.

Układy z macierzą ortogonalną

Równie tanio można rozwiązać układ równań

Qx=b,

gdy Q jest macierzą ortogonalną, to znaczy QTQ=I. Rzeczywiście, z ortogonalności mamy natychmiast, że

x=QTb

i w konsekwencji x można wyznaczyć kosztem takim jak koszt mnożenia macierzy przez wektor, czyli O(N2) operacji.

Podobnie, gdy QCN×N jest unitarna, to znaczy QHQ=I, rozwiązaniem układu równań jest

x=QHb.

Metoda eliminacji Gaussa

Carl Friedrich Gauss
Zobacz biografię

W przypadku dowolnych macierzy, bardzo dobrym algorytmem numerycznym rozwiązywania układu równań

Ax=b

okazuje się popularna eliminacja Gaussa. Jednak z powodów, które będą dla nas później jasne, algorytm ten wyrazimy w języku tzw. rozkładu LU macierzy, to znaczy, sprowadzającego zadanie do znalezienia macierzy trójkątnej dolnej L (z jedynkami na diagonali) oraz trójkątnej górnej U takich, że

A=LU,

a następnie rozwiązania sekwencji dwóch układów równań z macierzami trójkątnymi:

Algorytm Rozwiązanie układu z wykorzystaniem rozkładu LU



Znajdź rozkład <math>\displaystyle A=LU</math>;
Rozwiąż <math>\displaystyle Ly = b</math> przez podstawienie w przód;
Rozwiąż <math>\displaystyle Ux = y</math> przez podstawienie w tył;

Przypuśćmy, że taki rozkład A=LU istnieje. Wówczas, zapisując macierze w postaci blokowej, eksponując pierwszy wiersz i pierwszą kolumnę zaangażowanych macierzy, mamy

(a11a12Ta21A22)=(10Tl21L22)(u11u12T0U22,)

skąd (mnożąc blokowo macierz L przez U) wynika, że

  • u11=a11 oraz u12=a12, więc pierwszy wiersz U jest

kopią pierwszego wiersza A,

  • l21=a21/u11, więc pierwsza kolumna L powstaje przez

podzielenie wszystkich elementów wektora a21 przez element na diagonali a11,

  • A22l21u12T=L22U22, a więc znalezienie podmacierzy

L22 oraz U22 sprowadza się do znalezienia rozkładu LU zmodyfikowanego bloku A22 macierzy A, wymiaru (N1)×(N1).

Dostajemy więc algorytm rekurencyjny, jednak ze względu na to, że wywołanie rekurencji następuje na końcu każdej iteracji, można rozwinąć korzystająć z klasycznych pętli. Jest to ważne w praktyce numerycznej, gdyż rekurencja kosztuje: zarówno pamięć, jak i czas.

Ponadto zauważmy, że opisany algorytm możemy wykonać w miejscu, nadpisując elementy A elementami macierzy U i L (jedynek z diagonali L nie musimy pamiętać, bo wiemy a priori, że tam są).

Algorytm Rozkład LU metodą eliminacji Gaussa



for k=1:N-1
	if <math>\displaystyle a_{kk}</math> == 0 
		STOP;
	end
	for i=k+1:N /* wyznaczenie <math>\displaystyle k</math>-tej kolumny <math>\displaystyle L</math> */
		<math>\displaystyle a_{ik}</math> = <math>\displaystyle a_{ik}/a_{ii}</math>;
	end
	for j=k+1:N /* modyfikacja podmacierzy <math>\displaystyle A_{22} = A_{22} - l_{21}u_{12}^T</math> */
		for i=k+1:N 
			<math>\displaystyle a_{ij}</math> -= <math>\displaystyle a_{ik}a_{kj}</math>;
		end
	end
end

Łatwo przekonać się, że k-ty obrót zewnętrznej pętli (tzn. k-ty krok algorytmu rozkładu LU) kosztuje rzędu 2(Nk)2 operacji arytmetycznych, skąd łączny koszt tego algorytmu rozkładu LU wynosi około 43N3.

Jeśli więc wykorzystać rozkład LU do rozwiązywania układu równań Ax=b, to mamy następujące zestawienie kosztów:

  • Koszt znalezienia rozkładu A=LU: O(N3);
  • Koszt rozwiązania układu Ly=b: O(N2);
  • Koszt rozwiązania układu Ux=y: O(N2).

Tak więc, gdy znany już jest rozkład LU macierzy, koszt rozwiązania równania wynosi już tylko O(N2).

Uwaga Złożoność obliczeniowa zadania rozwiązania układu równań liniowych

Z powyższego wynika, że łączny koszt rozwiązania równania liniowego wynosi O(N3). Można zastanawiać się, jaka jest najmniejsza możliwa liczba operacji zmiennoprzecinkowych potrzebnych do rozwiązania układu równań liniowych.

Można pokazać, że minimalny koszt rozwiązania układu N równań liniowych nie może być wyższego rzędu niż minimalny koszt mnożenia dwóch macierzy N×N. Tymczasem znany jest całkiem prosty algorytm rekurencyjny, wyznaczający iloczyn dwóch macierzy kosztem 4.7Nlog274.7N2.807 (algorytm Strassena). Bardziej skomplikowany (i praktycznie nieimplementowalny) algorytm Coppersmitha i Winograda daje nawet koszt O(N2.376). Tak więc równania liniowe daje się (teoretycznie) rozwiązać kosztem O(N2.376).

Jednak w praktyce nawet prosty algorytm Strassena zazwyczaj nie jest stosowany. Wynika to stąd, że ma trochę gorsze własności numeryczne oraz, co istotniejsze, wymaga dużo dodatkowej pamięci na przechowywanie pośrednich wyników.

Wybór elementu głównego

Opisany powyżej algorytm rozkładu LU niestety czasem może się załamać: gdy napotka w czasie działania zerowy element na diagonali zmodyfikowanej podmacierzy, np. chociaż macierz

A=(0110)

jest ewidentnie nieosobliwa, to nasz algorytm nawet nie ruszy z miejsca, bo od razu zetknie się z dzieleniem przez a11=0. Ale wystarczy zamienić ze sobą kolejnością wiersze macierzy A (to znaczy, w układzie równań, zamienić ze sobą miejscami równania), a dostajemy macierz, dla której algorytm przejdzie bez problemu.

W praktyce obliczeniowej, aby uzyskać algorytm o [[|Dodaj link: możliwie dobrych własnościach numerycznych]], wykorzystujemy tzw. strategię wyboru elementu głównego w kolumnie. Polega to na tym, że zanim wykonamy k-ty krok algorytmu rozkładu LU,

  • szukamy w pierwszej kolumnie podmacierzy A(k:N,k:N) szukamy elementu o

największym module (taki element, na mocy założenia nieosobliwości macierzy, jest niezerowy) --- to jest właśnie element główny

  • zamieniamy ze sobą wiersz A(k,1:N) z wierszem, w którym

znajduje się element główny

  • zapamiętujemy dokonaną permutację, bo potem --- gdy już przyjdzie do

rozwiązywania układu równań --- będziemy musieli dokonać analogicznej permutacji wektora prawej strony

Wynikiem takiego algorytmu jest więc rozkład

PA=LU,

gdzie P jest pewną (zerojedynkową) macierzą permutacji (tzn. macierzą identyczności z przepermutowanymi wierszami).

Oprócz wyboru elementu głównego w kolumnie, stosuje się czasem inne strategie, m.in. wybór w kolumnie oraz tzw. wybór pełny, gdy elementu głównego szukamy w całej podmacierzy A(k:N,k:N), co znacznie zwiększa liczbę porównań niezbędnych do wskazania elementu głównego, ale też trochę poprawia własności numeryczne takiego algorytmu.

W praktyce całą informację o wykonanych permutacjach przechowujemy nie w zerojedynkowej macierzy j.w. ale w jednym wektorze.

Algorytm Rozkład LU z wyborem elementu głównego w kolumnie



P = 1:N; /* tu zapamiętujemy wykonane permutacje */
for k=1:N-1
	
	w wektorze A(k:N,k) znajdź element główny <math>\displaystyle a_{pk}</math>;
	zamień ze sobą wiersze A(k,1:N) i A(p,1:N);
	P(k) = p; P(p) = k;
	if <math>\displaystyle a_{kk}</math>
		STOP: macierz osobliwa!
	end
	
	/* kontunuuj tak jak w algorytmie bez wyboru */
	
	for i=k+1:N /* wyznaczenie <math>\displaystyle k</math>-tej kolumny <math>\displaystyle L</math> */
		<math>\displaystyle a_{ik}</math> = <math>\displaystyle a_{ik}/a_{ii}</math>;
	end
	for j=k+1:N /* modyfikacja podmacierzy <math>\displaystyle A_{22} = A_{22} - l_{21}u_{12}^T</math> */
		for i=k+1:N 
			<math>\displaystyle a_{ij}</math> -= <math>\displaystyle a_{ik}a_{kj}</math>;
		end
	end
end
<flash>file=Macierz.swf</flash><div.thumbcaption>Eliminacja Gaussa z wyborem elementu głównego

Poniżej zapisujemy algorytm rozwiązania układu równań, gdy znany jest już rozkład LU wykonany z wyborem w kolumnie.

Algorytm Rozwiązywanie układu równań metodą eliminacji Gaussa z wyborem elementu głównego w kolumnie



znajdź rozkład <math>\displaystyle PA = LU</math>;
rozwiąż względem <math>\displaystyle y</math> układ z macierzą górną trójkątną <math>\displaystyle Uy = Pb</math>;
rozwiąż względem <math>\displaystyle x</math> układ z macierzą dolną trójkątną <math>\displaystyle Lx = y</math>;

Dla niektórych ważnych klas macierzy wiadomo, że rozkład LU jest wykonalny bez wyznaczania elementu głównego, co istotnie może zmniejszyć całkowity czas działania algorytmu. Jest tak m.in. dla macierzy

  • symetrycznych, dodatnio określonych: A=AT oraz xTAx>0, x0,
  • silnie diagonalnie dominujących: macierz A (lub AT) spełnia
|aii|>ji|aij|,i.